1995年，中美鲁东南联合考古项目正式启动。由山东大学、美国耶鲁大学、芝加哥自然历史博物馆等单位的考古学者组成中美联合考古队，在日照市文化局的配合下对以两城镇遗址为中心的鲁东南沿海地区进行了区域系统调查。 1998年至2001年，双方联合对两城镇开展发掘，其后将区域系统调查的范围扩展到整个日照市，以及日照以北的胶州、高密、诸城等地。
30年来调查覆盖范围超过3800平方公里，成为中国乃至亚欧大陆调查范围最大的项目。调查累计发现新石器时代至秦汉时期聚落6000余处，初步还原了鲁东南沿海地区北辛文化时期、大汶口文化晚期、龙山文化时期、岳石文化时期、西周、东周和秦汉时期的聚落形态。为探讨早期国家的形成和衰落过程，秦汉帝国统一过程，以及中华文明从多元走向一体的历史进程等重大学术问题提供了重要资料。
项目发起人、美方负责人是耶鲁大学的文德安，团队内有芝加哥菲尔德自然历史博物馆加里·费曼教授和夫人琳达·尼古拉斯、加州大学博士生关玉琳等。2008年，文德安因此获评“中国政府友谊奖”。中方负责人是山东大学的蔡凤书教授，团队内有于海广、栾丰实、方辉三位中青年考古专家。期间先后有来自全球多个国家的200多位学者参与其中，获得国际学术界广泛关注。
作为我国改革开放以来时间最早、持续时间最长且极具影响力的国际合作考古项目之一，中美鲁东南联合考古项目取得了举世瞩目的成绩。该项目入选我国“中华文明探源工程”“考古中国”等重大项目，获得国家文物局“田野考古奖”，并获得美国国家科学基金会、亨利·路易斯基金会、国家地理学会等重要国际性基金会的支持，对我国早期文明探源影响深远。
中美鲁东南联合考古项目既是中国考古学30年来飞速发展的见证，也极大推动了中国考古学研究范式的进一步转变。同时，项目成果重塑了国际学界对中华文明起源的认知，提升了中国考古的国际视野，促进了中外考古合作与交流。